بنیاد علم و فناوری مصطفی(ص)، با چشم‌انداز گسترش صلح، امنیت و رفاه بشریت، فعالیت خود را در سال 1391 آغاز کرده و مأموریت خود را توسعه علم و فناوری در جهان اسلام قرار داده است. مدال دانشمند جوان از برنامه‌های این بنیاد است که با وقف جایزه نقدی برگزیدگان ادوار مختلف جایزه مصطفی(ص) در سال‌های 2019، 2023 و 2025؛ توسط دکتر اوگور شاهین، دکتر امید فرخ‌زاد و دکتر وهاب میررکنی پایه‌گذاری و نخستین آیین اعطای آن در شهریورماه ۱۴۰۴ (سال ۲۰۲۵ میلادی) برگزار شد. 
مدال دانشمند جوان نماد شایستگی و برتری علمی جوانان نخبه جهان اسلام است که با حرکت بر لبه علم، پیشران جهش‌های علم و فناوری به منظور بهبود کیفیت زندگی بشریت هستند. این مدال به آثاری نوآورانه در مرزهای دانش تعلق می‌گیرد که توسط دانشمندان جوان در حوزه‌های علم و فناوری ارائه شده و زمینه‌ساز بهبود زندگی بشريت باشد. 
مدال دانشمند جوان، هر دو سال یکبار، به دانشمندان جوان زیر چهل سال در کشورهای اسلامی اعطا می‌شود و با یک لوح تقدیر و جایزه نقدی 10 هزار دلاری برای هر کدام از منتخبان همراه است. این مبلغ نقدی از محل خيرين و واقفین علم و فناوری تأمین می‌شود. برگزیدگان این مدال، طی مراسمی با حضور دانشمندان و فرهیختگانی از کشورهای مختلف جهان، مورد تقدير قرار می‌گیرند. 

این جایزه در اثرهای تأثیرگذار در حوزه های زیر اعطا می‌شود:

  • علوم و فناوری‌های پزشکی و زیستی
  • علوم مهندسی و علوم پایه
  • علوم رایانه

    شرایط نامزدی: 
    1) مدال دانشمند جوان، به دانشمندان جوان زیر 40 سال از کشورهای اسلامی در حوزه‌های قیدشده در فراخوان اعطا می‌شود: 
    • مبنای محاسبه 40 سال، انتهای سال اعطای مدال است که هر دوره از سوی بنیاد اعلام می‌شود. 

    2) نامزدها تنها از سوی دانشمندان برجسته و یا نهاد‌های علمی زیر معرفی می‌شوند: 
  • دانشگاه ها و مرکزهای تحقیقاتی
  • انجمن ها و قطب های علمی و فناوری
  • فرهنگستان های علوم
  • پارک های علم و فناوری

    3) معیارها و شاخص‌های داوری نامزدهای مدال دانشمند جوان، متمرکز بر ویژگی‌های برجسته اثر، دامنه نفوذ اثر و ویژگی‌های صاحب اثر است.